28万人が住む三門市に、ある日突然異世界への「門（ゲート）」が開いた。門からは「近界民（ネイバー）」と呼ばれる怪物が現れ、地球上の兵器が効かない怪物達に誰もが恐怖したが、謎の一団が近界民を撃退した。彼ら、界境防衛機関「ボーダー」は、近界民に対する防衛体制を整え、依然として門から近界民が出現するにも関わらず、三門市の人々は今日も普通に生活していた。
門が初めて開いてから4年半後、三門市にやってきた空閑遊真が、三雲修に出会う所から物語は始まる。
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